В лаборатории ведется разработка прикладного программного обеспечения для молекулярного моделирования.
Биоэврика — программа для моделирования молекулярной динамики систем «лиганд-рецептор» и «лиганд-фермент».
Программа Биоэврика позволяет решать следующие задачи:
1) Прогнозирование биологической активности
2) Виртуальный скрининг
3) Изучение молекулярного механизма действия биологически-активных веществ
Некоторые возможности программы Биоэврика:
— гибкая схема термостатирования;
— разнообразные граничные условия сложной формы;
— автоматизированный выбор набора аминокислот, важных для ингибирования/активации по результатам молекулярной динамики «лиганд-рецептор»;
— автоматизированный виртуальный скрининг набора веществ на основе молекулярной динамики «лиганд-рецептор» с возможностью моделирования как всего белка так и только окрестностей активного центра;
— учет поляризации при переходе вещества между фазами — заряды атомов меняются в процессе моделирования молекулярной механикой;
— производительность на GPU сравнима с Gromacs (в некоторых тестах выше).
Autodock Master — система для автоматизированного распределенного виртуального скрининга биологической активности методом молекулярного докинга.
Программа состоит из двух исполняемых модулей Управляющего и Серверного.
Серверный модуль устанавливается и работает в форме фоновой службы на вычислительных узлах. Управляющий модуль взаимодействует с серверным посредством сети, передает все необходимые файлы и команды для запуска молекулярного докинга на вычислительном узле, проверяет статус расчета, хранит данные о состоянии вычислительного задания на головном узле, получает результаты с вычислительных узлов.
Autodock Master показал себя как надежная отказоустойчивая программа, доводящая до завершения вычислительное задание в условиях нестабильной работы вычислительной сети (отключение узлов).
Autodock Master может быть использован для организации GRID системы для проведения молекулярного докинга.