Молекулярная динамика — это численное моделирование движения атомов в молекулярных
системах. Прогнозирование биологической активности с применением данного метода
является высокоточной альтернативой молекулярному докингу.
- Учет подвижности всех атомов системы.
- Непосредственное моделирование молекул растворителя.
- Учет возможности проникновения лиганда в полость сайта
связывания. - Возможность определения длительности связывания лиганда.
- Возможность моделирования связывания крупных лигандов, таких
как, например, пептиды и полисахариды. - Возможность изучения
процесса активации рецептора позволяет отличить ингибиторы от активаторов.